Avant ces péripéties qui l’opposèrent au régime de Senghor, Seyid Cheikh fut particulièrement préoccupé par le conflit de 1962. Ainsi, après avoir bien étudié le problème et pour décanter la situation, conseilla-t-il, d’une part à Mamadou Dia de rendre sa démission, et d’autre part à Senghor de reprendre Dia au cas où il aurait démissionné. Cette stratégie hautement politique permettrait de convaincre l’opinion des bonnes intentions de l’un et de l’autre, et de sceller la réconciliation de deux compagnons de premières heures. Senghor accepte le principe, mais malheureusement Mamadou Dia n’était trop confiant. Il regrettera plus tard d’avoir rejeté la proposition de Serigne Cheikh ; Ce qui lui valut plus d’une décennie de détention.