Ambassadeur en Égypte, Serigne Cheikh bénéficiait d’une grande popularité auprès des ressortissants sénégalais qui étaient laissés en rade avant son arrivée ; et tout porte à croire que c’est cette popularité qui dérangeait ces… ennemis de l’Islam, qui préféreraient que la langue arabe soit maintenue dans une situation inférieure ; alors, notre ambassadeur fut rappelé à la fin de l’année 62 a jeté en prison .D’après Christian Coulon, Serigne Cheikh ne fut arrêté pour détournement, mais pour incitation à la révolte et soupçon d’intelligence avec l’ambassade égyptienne qu’il aurait fréquentée trop assidument .Une question se pose : pourquoi le pouvoir craignait-il tant les fréquentations égyptiennes de Serigne Cheikh ? Alors qu’il l’accusait de détourner le budget de l’ambassade ? Apparemment, le problème était plus culturel que financier. Leur mollesse vis-à-vis de l’enseignement de l’arabe est plus que parlante Toutefois, Serigne Cheikh maintien ses contactes avec les étudiants arabophones et se décide à défendre leurs intérêts puisque leur avenir était sérieusement menacé.

Avant ces péripéties qui l’opposèrent au régime de Senghor, Seyid Cheikh fut particulièrement préoccupé par le conflit de 1962. Ainsi, après avoir bien étudié le problème et pour décanter la situation, conseilla-t-il, d’une part à Mamadou Dia de rendre sa démission, et d’autre part à Senghor de reprendre Dia au cas où il aurait démissionné. Cette stratégie hautement politique permettrait de convaincre l’opinion des bonnes intentions de l’un et de l’autre, et de sceller la réconciliation de deux compagnons de premières heures. Senghor accepte le principe, mais malheureusement Mamadou Dia n’était trop confiant. Il regrettera plus tard d’avoir rejeté la proposition de Serigne Cheikh ; Ce qui lui valut plus d’une décennie de détention.